138 Arbeiten
Diese Studie nutzt agentenbasierte Modellierung, um die Progression der idiopathischen Lungenfibrose zu simulieren und die Wirksamkeit von Pirfenidon und Pentoxifyllin sowie deren Kombination auf die Kollagenakkumulation in Alveolargeweben zu bewerten.
Die Studie zeigt, dass FTIR-Spektroskopie in Kombination mit maschinellem Lernen Chemotypen bei Drosophila melanogaster identifiziert, die als integrative Proxy-Marker für genetische, physiologische und altersbedingte Variationen dienen und zudem die Stressreaktion verschiedener Populationen vorhersagen können.
Diese Studie adressiert den Mangel an analytischer Standardisierung in der Proteomik für kultiviertes Fleisch, indem sie durch den Vergleich verschiedener Workflow-Protokolle und die Optimierung von Verdauungsbedingungen sowie LC-MS-Methoden (insbesondere DIA) einen validierten Rahmen für zuverlässige und vergleichbare Proteinanalysen etabliert, der für die Produktentwicklung und regulatorische Zulassung essenziell ist.
Die Studie stellt BARMIX vor, eine skalierbare Plattform, die DNA-barkodierte Zellmischungen mit einem probabilistischen Rahmen kombiniert, um die behandlungsresistenz von Gastrointestinalstromatumoren (GIST) präzise zu quantifizieren und so die Entwicklung maßgeschneiderter Therapien für die Präzisionsonkologie zu ermöglichen.
Die Studie zeigt, dass die Verteilung von Elastizität im Insektenflügelmechanismus eine risikobehaftete, aber potenziell hochbelohnende Strategie darstellt, die durch numerische Methoden identifiziert werden kann, um den Resonanzbereich für eine effiziente Flugsteuerung erheblich zu erweitern.
In dieser Studie wurde das erste pangenombasierte, genomweite metabolische Modell für den Phytopathogenen Xylella fastidiosa (Xfcore) entwickelt, das nicht nur die Formulierung definierter Nährmedien ermöglicht, sondern auch experimentell bestätigte neue biochemische Merkmale wie den acetatbasierten Stoffwechsel und die Produktion virulenzrelevanter Polyamine aufdeckt.
Das Open-Source-R-Framework GlycoDiveR bietet eine modulare Lösung zur vereinfachten Analyse, Visualisierung und Integration hochdimensionaler Glykoproteomik-Daten, um die Zugänglichkeit glykosylationsspezifischer Auswertungen zu erhöhen und die Interpretation komplexer biologischer Muster zu erleichtern.
Diese Studie integriert genomische und longitudinale Multi-Omics-Daten von 101 gesunden Individuen über zwei Jahre, um reproduzierbare individuelle Immunotypen zu identifizieren und genetische Assoziationen mit der basalen Immunheterogenität aufzudecken.
Diese Studie zeigt, dass das computergestützte Framework TransComp-R durch die Identifizierung von transcriptomischen Merkmalen, die Mausmodelle mit der menschlichen spätbeginnten Alzheimer-Krankheit verbinden, die Entdeckung neuer Therapien ermöglicht und die Wirksamkeit des Orexin-Rezeptor-Antagonisten Suvorexant zur Reduktion von phosphoryliertem Tau in menschlichen Patienten bestätigt.
Die Studie kombiniert ein computergestütztes Evolutionsmodell mit empirischen Daten, um zu zeigen, dass die Entwicklung pflanzlicher Meristeme durch eine weitverbreitete systemische Drift gekennzeichnet ist, bei der das Phänotyp trotz tiefgreifender genetischer Neukonfigurationen der Genregulationsnetzwerke über lange Zeiträume hinweg erhalten bleibt.
Die Studie kombiniert Metagenomik, Metabolomik und metabolische Modellierung, um die funktionale Entkopplung zwischen *Microcystis* und ihrem Mikrobiom sowie die Rolle interspezifischer metabolischer Interaktionen für die Strukturierung von Cyanobakterienblüten zu beleuchten.
Die Studie zeigt mittels mathematischer Modellierung, dass von aktivierten Thrombozyten freigesetzte Polyphosphate die Thrombinbildung unter Flussbedingungen beschleunigen, indem sie vor allem die Umwandlung von Faktor V in FVa fördern, wodurch die Thromboseanfälligkeit bei niedrigeren Gewebefaktorkonzentrationen steigt und die Empfindlichkeit gegenüber dem Gewebefaktor-Inhibitor (TFPI) verringert wird.
Das Paper stellt FASTERCC vor, einen optimierten Algorithmus zur Beschleunigung der Flux-Konsistenzprüfung und kontextspezifischen Rekonstruktion in großen metabolischen Netzwerken, der durch strukturelle Vorverarbeitung die Laufzeit im Vergleich zu FASTCC um den Faktor 20 reduziert und damit Analysen bei sehr großen Modellen praktikabel macht.
Die Studie zeigt, dass eine Kombination aus zirkulierenden miRNA- und Protein-Signaturen bei der Erstvorstellung von Kindern mit dilatativer Kardiomyopathie präzise zwischen Patienten mit schlechtem Verlauf und solchen mit Erholung der Herzfunktion unterscheiden kann und somit vielversprechende Biomarker für das frühe Risikomanagement bietet.
Die Studie stellt X-Cell vor, ein auf einem riesigen CRISPRi-Perturb-seq-Datensatz trainiertes Diffusions-Sprachmodell, das durch Skalierung von Daten und Modellkapazität erstmals eine generalisierbare, zero-shot Vorhersage kausaler zellulärer Perturbationseffekte über diverse biologische Kontexte hinweg ermöglicht.
Die Studie nutzt stochastische optimale Steuerungssimulationen mit einem detaillierten Muskel-Skelett-Modell, um zu zeigen, dass sensorimotorisches Rauschen zwar die mittlere Gangkinematik kaum beeinflusst, aber die Variabilität von Bewegung und Muskelaktivität sowie den erwarteten Aufwand prägt, wobei die Kontrollstrategie darauf abzielt, den Energieaufwand zu minimieren und dabei die Stabilität des Körperschwerpunkts sowie die minimale Fußfreigabe über die Gelenkwinkelvariabilität priorisiert.
Diese Studie stellt ein modulares, multi-physisches Rechenframework vor, das dreidimensionale Fluid-Struktur-Interaktions-Simulationen mit einem systembiologischen Modell koppelt, um die bidirektionale Wechselwirkung zwischen hämodynamischen Kräften und biochemischen Signalwegen bei der Entstehung und Progression der Aortenklappenverkalkung zu untersuchen.
Die Studie entwickelt ein computergestütztes Modell, das zeigt, wie sich die Abhängigkeit von knochenbezogenen Wachstumsfaktoren und die Reaktion auf Therapien bei Knochenmetastasen je nach Anpassungsgrad des Tumors unterscheiden, wobei die Hemmung der Knochenresorption nur bei nicht-adaptierten Tumoren effektiv ist.
Die Studie zeigt, dass verschiedene hochfettige Diäten eine langfristige, teilweise irreversible multi-omische Reprogrammierung von Wirt und Darmmikrobiom auslösen, die selbst nach Rückkehr zu einer Kontrolldiät als „Mikrobiom-Gedächtnis" persistiert.
Die Studie stellt das offene R-Paket BIRDkiss vor, ein vereinfachtes mechanistisches Modell, das die Auswirkungen von Pestiziden und Nahrungsverfügbarkeit auf das Wachstum und die Reproduktion von Vögeln integriert, um die ökologische Relevanz der Risikobewertung zu verbessern.